Кишечная флора представляет собой совокупность полезных и условно-патогенных микроорганизмов. Их назначение — переваривание пищи, выработка витаминов, стимуляция иммунитета, подавление роста патогенных бактерий, укрепление стенки толстой кишки.

К патогенным кишечным бактериям, выявляемым с помощью данного анализа, относятся сальмонеллы (возбудитель сальмонеллёза) и шигеллы (возбудитель дизентерии).